Naturlig sitronsyre er vidt distribuert i naturen, naturlig sitronsyre finnes i planter som sitroner, sitrus, ananas og andre frukter og dyrebein, muskler, blod. Syntetisk sitronsyre produseres ved gjæring av sukker, melasse, stivelse, druer og andre sukkerholdige stoffer.
Mange frukter og grønnsaker, spesielt sitrusfrukter, inneholder store mengder sitronsyre, spesielt sitroner og lime – de inneholder store mengder sitronsyre, opptil 8 prosent når de tørkes (ca. 47g/L i fruktjuice). I sitrusfrukter er innholdet av sitronsyre mellom 0.005mol/L i appelsiner og druer og 0,30mol/L i sitroner og lime. Dette innholdet varierer med ulike kultiverte arter og plantevekst.